今天，深圳華大基因研究院稱(chēng)，由他們和德國漢堡大學(xué)醫學(xué)院、中國疾病預防與控制中心及軍事醫學(xué)科學(xué)院微生物流行病研究所聯(lián)合研究揭示，德國疫情是由一種新型具有超級毒性的大腸桿菌引起的，該新型菌株攜帶多種耐抗生素的特異基因，致使其難以治療。

    據德國衛計委公布的數據，這場(chǎng)大腸桿菌疫情至今已導致17人喪生，歐洲已有超過(guò)千人受到感染，并且疫情有可能會(huì )進(jìn)一步惡化。

    德國大腸桿菌疫情暴發(fā)之后，華大基因立即建立聯(lián)系開(kāi)展合作，自發(fā)地加入到這場(chǎng)疾病的研究中，成立專(zhuān)門(mén)研究小組對該細菌進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析，以便盡快尋找到致病機理，研發(fā)有針對性的治療措施并有效地控制疫情的蔓延。在獲得病毒樣本后三天的時(shí)間內，華大基因完成了對該新型大腸桿菌的基因組測序。經(jīng)過(guò)初步信息分析，發(fā)現該菌株是一種新的兼具侵襲、產(chǎn)毒、腸出血等特征的大腸桿菌。

    華大基因利用第三代測序儀——Ion Torrent進(jìn)行了該大腸桿菌的全基因組測序，初步組裝結果預測的菌株基因組大小為5.2Mb。通過(guò)對序列的分析發(fā)現該菌株屬于血清型O104，但O104型大腸桿菌以前未見(jiàn)引起人類(lèi)感染大規模暴發(fā)的報道。通過(guò)進(jìn)一步比對分析發(fā)現該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過(guò)93%。根據對基因序列的分析結果顯示，導致疫情暴發(fā)的菌株通過(guò)基因水平轉移獲得了腸出血性大腸桿菌的毒力基因和毒力相關(guān)質(zhì)粒，可能與該菌株強毒性和重癥感染有關(guān)。研究還發(fā)現，該菌株攜帶氨基糖甙類(lèi)、大環(huán)內酯類(lèi)、磺胺類(lèi)等抗生素的耐藥基因，導致抗生素治療無(wú)效。科學(xué)家們還將進(jìn)一步分析這些毒力相關(guān)基因的完整性和表達情況，及耐藥和毒力基因水平轉移機制，并在更多暴發(fā)菌株中進(jìn)行驗證。